Pour fonctionner, toute entreprise doit consacrer un minimum de ressources à sa gestion. Comme le fonctionnement des mutuelles obéit à des principes de non lucrativité, leurs "frais de gestion" servent uniquement à la protection santé des adhérents. Ce qui caractérise ce que beaucoup appellent les "frais de gestion" des mutuelles c’est qu’au-delà des frais de gestion liés au fonctionnement de toute entreprise, ils incluent aussi des frais liés à la délivrance de services tels que la gestion du tiers payant, la gestion des démarches contractuelles avec les professionnels de santé, l’animation de la vie démocratique, la Prévention, l’éducation à la santé, l’action sociale qui constituent la vocation même des mutuelles. Les "frais de gestion" des mutuelles représentent 3 Milliards d’euros de coûts liés à la gestion des garanties des mutuelles. Cela représente 16 % des 20 milliards de cotisations perçues par les mutuelles.